Dentro de las aplicaciones de los smartphones se esconden criaturas poco conocidas llamadas Applimonsters, o AppMon para abreviar. Los Appmon son aplicaciones con forma física e inteligencia artificial que les permite pensar y actuar por sí mismos. Trabajan para los seres humanos y para el sistema entre el mundo humano y el espacio digital. Sin embargo, el "feroz jefe final Al’ Leviathan está tratando de controlar a los AppMon por medio de un virus, hackear cada sistema y controlar el mundo de los humanos a través del Internet.

Como si dirigido por un gran poder, el protagonista Haru Shinkai encuentra el 'Appli Drive' y con el 'AppMon Chip,' le da forma física al monstruo de la aplicación de búsqueda, Gatchmon. Pero, ¿qué misterios se encuentran ocultos dentro del Appli Drive? ¿Y cuál es el verdadero objetivo de Leviathan?