Existen entre los seres humanos, personas que pueden controlar a unas criaturas amorfas, por medio de telepatía, conectándose a través de una mecha de pelo levantada. Un chico de secundaria llamado Tetsu es uno de estas personas que mantiene a una criatura de nombre Cenco. A pesar de que Tetsu quiere mantener a Cenco en secreto, es visto por Yuki, una estudiante curiosa de su misma escuela.

Cenco posee la habilidad de transformarse en cualquier cosa por petición de Tetsu. Pero Tetsu no es el único que puede controlar a estas criaturas, otro chico llamado Shu posee dos criaturas, una puede volverse invisible y la otra es enorme. Shu, queriendo capturar a Cenco, desafía a Tetsu, involucrando a Yuki. No se sabe con certeza si estas criaturas poseen sentimientos, porque por un lado está el hecho de que Cenco trata de rescatar a Yuki, pero Cenco también se comió el brazo de Tetsu cuando el suyo fue destruido.

¿Qué tal si hay la posibilidad de transportar la mente e intercambiar cuerpos entre dos personas? Esto fue lo que le paso a dos jóvenes; a una chica del pueblo Itomori llamada Mitsuha Miyamizu y a un joven de la ciudad de Tokio llamado Taki Tachibana. No se sabe con certeza por qué ocurre este fenómeno, pero se da ha entender que fue por el deseo de Mitsuha de querer encontrar al chico de sus sueños que estaría en Tokio. Tanto Mitsuha como Taki empiezan a intercambiar almas cada cierto tiempo que se quedaban dormidos, comenzando a conocer la vida del otro.

A pesar de ser personas que nunca se han visto, la imaginación humano no impide la comunicación, es por eso que cada uno poseen un diario en donde introducen lo que han hecho en el cuerpo prestado para que el verdadero dueño sepa lo que ha pasado en ese día. Pero como todo viaje astral no es perfecto, los recuerdos de dicha aventura se borran rápidamente, pareciendo solo un sueño. Se llega a conocer que la línea del viaje de tiempo fue a una distancia de tres años, confirmándolo Taki cuando se entera que la ciudad de Itomori fue destruida hace tres años atrás por la caída de un meteorito.

Un año después de la invención de los D-Mails y de la máquina de saltos en el tiempo para enviar las memorias al pasado, nuestros personajes se encuentran en una línea de tiempo en donde ninguno de los miembros del laboratorio de investigación de artefactos futuristas debe morir y que tampoco son gobernados por SERN por inventar la máquina del tiempo. Pero todo salto en el tiempo contiene consecuencias, es así que Rintaro Okabe, la persona que retrocedió en el tiempo demasiadas veces, empieza a sentir los efectos secundarios, no pudiendo su mente reconocer la línea del tiempo en que está viviendo, teniendo visiones de líneas alternativas. Las consecuencias fueron avanzando hasta llegar el día en que Rintaro desaparece y nadie recuerda que haya existido.

Las personas que lo conocieron, empiezan a recordarlo a través de déjà vus, como tener un preciado tenedor sin saber quien se lo regalo o comprar una marca de bebida específica que nadie toma. Sintiendo que falta alguien importante, Kurisu Makise vuelve a construir la máquina del tiempo y retrocede al día en que Rintaro desaparece. Allí se encuentra con otra viajera en el tiempo, Suzuha Amane, que le explica a Kurisu que Rintaro a sobrecargado su visión Steiner y ahora se encuentra fluctuando entre la línea actual del mundo y la línea en donde ellos se encuentran. La única esperanza de salvar a Rintaro es introduciendo un recuerdo lo suficientemente poderoso para que él alcance a distinguir la verdadera línea de tiempo, pero ¿cuál recuerdo podría ser ese?

Existe una ciudad avanzada tanto tecnológicamente, con el desarrollo de poderes psíquicos, como mágicamente, esta ciudad es llamada Ciudad Academia. En esta ciudad, al fallar un viaje en avión donde milagrosamente sobrevivieron todos, se decidió crear el primer ascensor espacial del mundo, como medio para llegar al espacio, pero que en realidad es un gran catalizador de magia.

Los dos bandos, tanto tecnológico como mágico, están en constante pelea para obtener el control del mayor poder; así enterándose del extraño poder de Arisa Meigo desean capturarla, mientras que ella solo quiere llegar a ser una cantante. Pero Arisa no está sola debido a que se hace amiga de Touma Kamijou, un estudiante con un poder en su mano derecha que permite anular cualquier fenómeno sobrenatural tanto psíquico como mágico, y de Index, una monja que posee en su mente el conocimiento de 103.000 libros mágicos. En esta películas podrás ver enfrentamientos tanto con robots como con magia, en la Tierra como en el espacio, y todo por un deseo de sobrevivir.

Existe el gran mundo de realidad virtual OZ, en donde todo los humanos están conectados, siendo algo más que un juego masivo, debido a que los sistemas automáticos como los subterráneos, sistemas de emergencias, satélites, entre otros, están conectados a OZ. Para programar este sistema de ordenadores masivos existen personas moderadores. Un estudiante llamado Kenji Koiso, es unos de estos moderadores, siendo un joven con gran habilidad de lógica y matemática pero poco sociable.

Imagínate si OZ es apoderado por un ente externo, sería como apoderarse del mundo; esto fue lo que sucedió un día, que pirateando el avatar de Kenji empieza a causar caos al mundo. El verdadero culpable es una IA, construido por Wabisuke Jinnouchi, para ser una máquina que aprenda por sí sola y que fue vendido a las Fuerzas Armadas de Estados Unidos y ellos lo lanzaron en OZ como prueba. La historia se convierte en una pelea por la sobrevivencia de los seres humanos, donde se debe derrotar virtualmente al IA antes de que éste destruya el mundo real, algo que no será fácil porque la IA se hace cada vez más poderoso virtualmente debido a tener la capacidad de absorber los avatares de las personas.

Parte de la humanidad tuvo que refugiarse bajo tierra debido a que fueron afectados por un experimento fallido donde se pretendía recolectar la energía de la gravedad. Para una joven que ha vivido toda su vida en túneles y cavernas puede ser atraída fácilmente a querer conocer el mundo exterior aunque esto sea peligroso; es lo que le ocurrió a Patema cuando vio el cielo de una fotografía que le regaló Lagos antes de desaparecer. Cuando un subterráneo va a la superficie, posee tan poca gravedad que salen disparados hacia el cielo si no se agarra de algo, es por eso que cuando Patema cae de un agujero de la zona prohibida, termina en un mundo de cabeza con relación a lo que ella conoce.

Para los que viven en la superficie, son los subterráneos los que están de cabeza, es por eso que cuando el joven Age conoce a Patema ve a una chica que no puede caminar por la tierra, sino que se agarra de cabeza de los árboles. Para los ojos de Patema es atemorizante pensar que no tiene un suelo donde caminar, sabiendo que en un descuido saldrás disparado al cielo, pero logra el apoyo de Age para superarse, a pesar de que en la superficie impera un régimen opresivo. Pero realmente, ¿quién es el que estaría de cabeza si existiera otro mundo con cielo para los subterráneos?

La historia se centra en una estudiante llamada Makoto Konno que puede retroceder en el tiempo. Makoto era una joven como cualquier otra, con una vida simple, hasta que un día, en un salon vacio, ella cae sobre una objeto parecido a una nuez. Ese mismo día, cuando Makoto regresa a casa, pierde el control de su bicicleta, siendo atropellada por un tren; pero Makoto no muere sino que es transportada minutos antes del accidente, es así como Makoto se da cuenta de que puede viajar en el tiempo.

Makoto también observa que en su antebrazo aparecio un número parecido a un contador que va disminuyendo dependiendo de las veces que salta al pasado, obligando a tener un límite para los viajes. A pesar de que su tía Kazuko Yoshiyama, después de que Makoto le contara sobre lo sucedido, le aconsejo a Makoto que usará sabiamente esta habilidad, Makoto se olvidó por completo, utilizándolo para su propio beneficio. Pero Makoto no es la única viajera, su mejor amigo Chiaki Mamiya, es del futuro y vino al pasado para ver una pintura que Kazuko estaba restaurando. Si tú pudieras retroceder al pasado, ¿qué harías?

En un futuro, donde la tecnología a avanzado de tal manera que un robot puede comportarse como un ser humano, existe lo que se llama la roboterapia. Esta práctica es utilizada en personas que perdieron a un ser querido y han quedado sin ganas de vivir, entonces para afrontar esta pérdida, transforman al robot como la persona fallecida. El robot Q01 es transformado en humano por petición del abuelo de Kurimi para lograr recobrar las ganas de vivir de un ser querido. Es así que la separada pareja de Hal y Kurimi (uno de ellos es Q01) empiezan a tratarse.

Hal trata de acercarse a Kurimi y comprender sus sentimientos, mientras ella está siempre encerrada en una pequeña habitación. Hal trata de complacer los deseos que Kurimi había escrito en los cubos rubik, logrando que poco a poco Kurimi empieza a tomar interés por Hal. Esta película tiene un desenlace inesperado, pero a la vez se puede apreciar hasta qué punto un robots puede asemejar a una persona humana.

Una antigua civilización desaparecida dejó en los cielos una ciudad en una isla flotante, y se cree que esta civilización poseía un vasto conocimiento de ciencia y tecnología. Para llegar hasta la isla de la Fortaleza Celeste, se necesita una llave que es una piedra especial que posee energía misteriosa, capaz de ser solo utilizada por descendientes de la fortaleza, permitiéndole levitar a su poseedora, y estando hecha del mismo material que permite a las islas flotar. La poseedora de dicho cristal es Sheeta, siendo perseguida por los agentes del gobierno dirigidos por Muska y por los piratas del aire de Dola.

En dicha persecución, Sheeta se hace amigo de Pazu, quien la ayuda a escapar y a resolver el misterio de la fortaleza. Se cree que la fortaleza está habitado por robots, Muska posee uno de estos y que al parecer pueden ser controlados por el cristal. A pesar que todos llegan a la vez a la fortaleza, y se desencadena una batalla en los cielos, fueron Sheeta y Pazu los que entraron a la ciudad de Laputa, y descubrieron que sus habitantes querían que los humanos vivieran en la tierra y no en los cielos.

En un futuro donde los viajes al espacio fracasaron, se creó la estación espacial DEVA, en donde sus habitantes no poseen cuerpos físicos sino que sus mentes han sido digitalizados y procesados en un mundo virtual, es así como vive la raza humana. A pesar de ser un sistema restringido, el DEVA fue hackeado por un pirata informático conocido como Frontier Setter, el cual quería reclutar personas que lo acompañaran a un viaje espacial. Lo que ocasionó los repetidos hackeos de Frontier es mandar al agente Angela Balzac a la Tierra para su captura. De tan solo los genes de Angela se pudo crean un cuerpo funcional, introduciendo su mente en el cuerpo orgánico para bajar a la Tierra. La Tierra es ahora un planeta estéril, donde los sobrevivientes cazan bichos enormes para comer.

Para Angela, que es una persona que ha vivido sin las necesidades básicas como comer o dormir por ser una vida digitalizada, le es difícil acostumbrarse a una vida real, sobre todo porque tuvo que perder todo contacto con DEVA para no ser rastreada por Frontier, afortunadamente tiene la ayuda de un contratante de la Tierra llamado Dingo. Después de muchas investigaciones, se conoce que Frontier es una IA que fue creado para la construcción de una nave espacial y que lo ha estado realizando por unos 100 años. Frontier tiene la capacidad de razonamiento tan alto que puede entablar una conversación, compartir opiniones musicales e incluso seguir su ideal de terminar la nave y viajar por ser la razón de su existencia. DEVA considera a Frontier una amenaza porque ellos controlan a los humanos, decidiendo quienes son útiles y quienes serán expuestos como pobres. ¿Quién crees que representa mejor la humanidad, una IA que tiene sueños o personas digitales que controlan un mundo programado?