El dios del tiempo y del espacio Deus Ex Machina decide experimentar con 12 participantes para que se maten entre ellos y el sobreviviente se convierta en su sucesor, dándoles a cada persona un diario con habilidades únicas para cada portador. A este experimento fue arrastrado el joven Yukiteru Amano, que le concedieron el diario del observador donde puede ver el futuro según su punto de vista. De malas ganas, pero sin tener opciones, Yukiteru se une a Yuno Gasai, otra joven involucrada en este experimento mortal y que está obsesionada con Yukiteru, siendo la poseedora del diario del amor. Pero este pacto no puede durar, porque al final, de todos los jóvenes involucrados que poseen un diario solo puede quedar uno con vida.

Vemos como el artesano Kuroda, después de la pérdida de su amor Tsukishima en la guerra, sin darse cuenta fue inspirado a experimentar con muñecos para darles sentimientos, creando a los Hybrid Child. Los Hybrid Child son criaturas híbridas que no son máquinas ni muñecas, pero pueden sentir emociones humanas y tener su propia conciencia, ellas son más bien niños hìbrido experimentales que reflejan el amor que le demuestra su amo, por lo tanto necesitan de amor para crecer. En estas OVAs, a parte de la historia de Kuroda, contiene otras dos historias más donde los Hybrid Child desarrollan fuertes lazos emocionales con sus propietarios. Esta la relación del joven Kotaro Izumi y su Hybrid Child Hazuki, que desde que lo recogió ha crecido más que Kotaro, pero se enfrenta a la terminaciòn de la vida útil de Hazuki. También está como el Hybrid Child Yuzu ayuda al ex-oficial del ejército Ichi Seya a volver a amar y no cargar con toda la culpa de lo que pasó en la guerra.

En un mundo post apocalíptico, la humanidad está en guerra contra unos extraterrestres conocidos como unknown, estando en desventaja decidieron evacuados a los niños a una instalación de sueño frío. Cuando estos niños despiertan se descubre que sus cuerpos desarrollaron algún tipo de fuerza sobrenatural llamado world, donde su poder depende del sueño criogénico que tuvieron, es asì que con el fin de proteger a Japón los niños deben de luchar contra los unknown. La verdad es que estos niños no solo se fueron a dormir, sino que en el transcurso experimentaron para que al despertar tuvieran poderes. Pero la realidad del experimento es que estos niños fueron robados por los unknown, a quienes ellos creían que estaban protegiendo no eran a los humanos sino a los unknown, y a quienes estaban atacando eran a los humanos. Detrás de este atroz experimento esta la oficial de gestión regional de la organización de defensa y que supervisa a los niños, Airi Yuunami, pero que en verdad es el ancla de los verdaderos unknown.

Después de la destrucción de la raza humana, las únicas que pueden usar las armas especializadas de los seres humanos son las hadas con apariencia humana, es por eso que los militares experimentan y las utilizan para matar a las bestias que pueblan la superficie de la tierra. Para el cuidado de estos sujetos experimentales, se le ha otorgado el deber a Willem Kmetsch, el ùltimo humano que existe en el mundo y que despertó de su congelación. Willem aconseja a las hadas y afina las armas, todo para que regresen con vida.

Las hadas que todavía no tienen el sueño para convertirse en guerreras son refugiadas en una isla flotante, habiendo pequeñas niñas que son sometidas a exámenes rigurosos. Nygglatho es la representante del gremio para asegurar el mecanismo y la salud de las hadas, es la contraparte de Willem que representa a los militares. A pesar que las hadas no deben enamorarse porque se desequilibra mentalmente, perdiendo sus recuerdos y siendo incapaces de manejar las armas, la hada Chtholly Nota Seniorious, llega a enamorarse de Willem.

En un futuro donde la mayoría de la humanidad a dejado la Tierra y dividido en dos bandos, existe el país neutral JIOR, aquí en el módulo 77 existe la escuela Sakimori. Cuando el módulo fue invadido por Dorushian, un estudiante llamado Haruto Tokishima encuentra un robot conocido como Valvrave, así llega a intercambiar su humanidad por poder. El Valvrave que encontró Haruto es el I, pero existen otros Valvraves, siendo pilotados por otros estudiantes para ayudar a Haruto en la lucha y proteger su hogar. Pero no todos son compatibles con el sistema de Valvrave, si son rechazados el piloto explota y muere.

Es así que se dan cuenta que la academia Sakimori y su administración es un nicho experimental de los Valvrave, sus estudiantes han sido preseleccionados para que sean compatibles con los Valvraves. La primera vez que el piloto entre al Valvrave será inyectado con una sustancia desconocida que le permite pilotarlo, además de otorgarle poderes especiales como recuperarse rápidamente de las heridas fatales o transferir su mente a otro cuerpo. Las demás personas ven a los jóvenes que aceptaron ser los conejillos de India de los Valvraves, como monstruos.

Un pequeño porcentaje de chicos poseen habilidades especiales que se desarrolla y termina con la pubertad, y los científicos de todo el mundo experimentan con estos niños para controlar sus poderes. Es así que existe la academia Hoshinoumi que busca y alberga a estos chicos para protegerlos. El joven Yuu Otosaka, fue obligado a ir a esta academia y formar parte del consejo estudiantil para buscar a aquellos con habilidades. Pero esta academia es el resultado de muchos saltos temporales por parte de su fundador Shunsuke Otosaka, que queriendo proteger a sus hermanos Yuu y Ayumi, y a sus amigos, usa su poder a pesar de quedar ciego.

En la primera línea del tiempo, Shunsuke, sus hermanos y amigos fueron capturados por los científicos, por lo que vivían bajo constantes experimentos. A los que tenían habilidades de mayor rango los tenían encerrados, aislados e incluso inmovilizados, como en el caso de Shunsuke, pero gracias a un plan entre Yuu y Kumagami, logran liberarlo para que usara su habilidad de salto temporal y modificara el futuro. Después de muchos saltos se logró un refugio, pero este sólo alcanzaba para una parte de Japón, viniendo de otros países a arrebatarles la paz. Para terminar con el miedo de que estos niños terminen como sujeto de prueba, Yuu utiliza su poder de robar para viajar por todo el mundo y quitarles las habilidades a cada niño.

El instituto Vingulf es una organización, que encontrando restos alienígenas, tiene como misión crear al alienígena perfecto sin importar el sacrificio. Para esto, el laboratorio de investigación alienígena ha realizado múltiples experimentos con chicas para convertirlas en brujas, viendo a las usuarias mágicas de rango B como experimentos fallidos. Un grupo de jóvenes de rango B escapó de dicho laboratorio, encontrando refugio en un antiguo observatorio gracias a un joven estudiante llamado Ryouta Murakami.

Ryouta quiere que estás brujas tengan una vida normal, ocultándolas a pesar que sus perseguidores tiene órdenes de matar a cualquiera que se involucre con ellas. Además Ryouta busca la forma de adquirir las drogas necesarias para mantener vivas a las brujas, a pesar de que el único lugar donde se fabrican es en el laboratorio de donde escaparon. Pero no es la única forma de matar a estas brujas, a ellas les implantaron en su parte posterior del cuello un arnés que al oprimir el botón de expulsión se activa el derretimiento del cuerpo, con esto los científicos amenazan a las demás brujas que están en el laboratorio porque puede ser activado a control remoto.

ReLIFE es el nombre de un experimento científico que permite rejuvenecer 10 años a una persona. La idea del experimento es brindar a las personas una segunda oportunidad de volver a experimentar su juventud y en el proceso corregir cualquier problema con la vida del sujeto de prueba. Los sujetos experimentales son escogidos de personas que teniendo potencial, termina con una mala racha, teniendo cada sujeto a un supervisor. Uno de estos supervisores es Ryō Yoake que encuentra en Arata Kaizaki un potencial sujeto de prueba. Arata es una persona honesto, pero que es incapaz de encontrar un empleo debido a que dejó su anterior trabajo a tan solo tres meses, por presenciar un incidente de acoso y suicidio de su senpai.

Yoake le ofrece a Arata la píldora de ReLIFE, indicándole que si acepta ser parte del experimento, renunciando a su vida y convertirse en un sujeto de prueba, pasado un año se le conseguirá un trabajo. Arata acepta la propuesta y se convierte en el sujeto de prueba #002. Arata empieza nuevamente su vida como estudiante, viéndose más maduro que sus compañeros, no teniendo problemas en hacer amigos, pero siempre con la constante vigilancia de Yoake que también se encuentra como estudiante en la misma preparatoria y que va escribiendo un informe sobre la vida cotidiana de Arata. En esta preparatoria Arata conoce a Chizuru Hishiro, una estudiante retraída con dificultad para hacer amigos, y que más tarde se da a entender que ella es el sujeto de prueba #001, pero debido a su personalidad es considerada como experimento fallido.

El mundo llegó a su fin por un virus creado por el hombre y solo los niños menores a trece años sobrevivieron, pero los vampiros emergieron de las profundidades de la tierra, ofreciendo a estos niños seguridad a cambio de su sangre. Un grupo de niños del orfanato Hyakuya decidieron escapar de la ciudad de los vampiros, pero terminó en masacre, siendo Yūichirō Hyakuya el único en llegar a salir, y ver la verdad que no eran los únicos sobrevivientes, terminando uniéndose a la Compañía Demonio Lunar, a la unidad de exterminio del Ejército Demoníaco Imperial Japonés, con el fin de vengarse. Otro niño del orfanato Hyakuya, Mikaela Hyakuya, quien supuestamente murió ayudando a Yūichirō a escapar, es convertido en vampiro y allì descubre que todos sus amigos del orfanato eran sujetos de prueba por parte de los humanos. Mikaela sabiendo la verdad quiere rescatar a Yūichirō de los humanos que lo manipulan y experimentan con él.

Todos estos experimentos que hicieron con estos niños es para revivir a los ángeles, que piensan que son vitales para la supervivencia de la humanidad, utilizándolos como armas. Estos sujetos de prueba son fuertemente medicados para lograr someterlos, así vemos como Kureto Hīragi, del ejército Demoníaco Imperial Japonés, utiliza a Mirai Kimizuki como sujeto experimental, logrando que emerja como el Ángel de la Destrucción de la Quinta Trompeta. A los niños que experimentaron y lograron llegar a ser ángeles con enormes poderes que pueden ser utilizados como armas son llamados Serafín del Fin. Existían muchas organizaciones humanas y de vampiros que llevaron a cabo este proyecto, pero ninguna avanzó tanto como la Secta Hyakuya, y después de la llegada del virus apocalíptico, el Ejército Demoníaco Imperial Japonés retomó los experimentos de esta secta. Otro sujeto de prueba es Yūichirō, quien se despierta como serafín del Rey de la Sal de la Segunda Trompeta, cuando recupera la trompeta de oro dentro de su subconsciente para salvar a sus amigos.

El anime se desarrolla en una ciudad futurista creada para realizar el experimento conocido como Kiznaiver. Los sujetos de prueba del experimento son siete jóvenes que quedaron conectados entre sí para compartir sus dolores físicos y emocionales, y que si sobrevivían el verano conectados liberarian sus lazos. El grupo de Kiznaivers deciden permanecer juntos para evitar que cualquier se hagan daño, debido a que todos los demás lo sentirían. Pero este no fue el experimento original, cuando Katsuhira Agata tuvo cuatro años fue utilizado como uno de los sujeto de pruebas en los primeros experimentos con los Kiznaivers, es así que quedó despojado de sus propias emociones y percepción del dolor.

El árbitro que pone a prueba a los Kiznaivers es la joven Noriko Sonozaki, quién carece de bondad humana y no demuestra ninguna emoción, pero la verdad es que ella también fue utilizada en los primeros experimentos de los Kiznaivers junto con Katsuhira. En esta segunda etapa del experimento, todos los participantes comparte el dolor de todos, en cambio en el primer experimento era una sola niña la que conservaba el dolor de todos, mientras que los demás poco a poco iban despojándose de sus dolores. Detrás de estos niños existen los científicos que conocen y están detrás de la verdad sobre Kiznaiver, como la consejera estudiantil Mutsumi Urushibara o el profesor Kazunao Yamada.