Kokonotsu Shikada es un chico que su padre quiere obligarlo a que herede la tienda familiar de dulces. La tienda se encuentra en un pueblo rural al pie de la montaña. La vida de Kokonotsu cambia cuando llega a la tienda una excéntrica chica apasionada a los dulces llamada Hotaru Shidare.

Hotaru quiere convencer al padre de Kokonotsu para que trabaje con su padre, pero terminan haciendo el acuerdo de que si convence a Kokonotsu de hacerse cargo de la tienda, él iría con ella. Desde entonces, Hotaru trata de persuadir a Kokonotsu de diversas maneras, como juegos, cuentos o adivinanzas. Como los lugares se encuentran relativamente separados, se puede apreciar las diferentes vistas de la montaña, como cuando al recuperar el cuaderno de dibujo de Kokonotsu para que Saya Endō no lo vea, Kokonotsu y Hotaru tienen que correr desde la tienda de dulce hasta la cafetería, dejándonos apreciar el paisaje entre montañas.

Asuna Watase es una estudiante que sube a la montaña para sintonizar una radio que creó con un cristal que le regaló su difunto padre. Un día, camino a la montaña, Asuna es atacada por un monstruo, siendo salvada por un extraño joven llamado Shun. A pesar que Shun le indicó a Asuna que no volviera a la montaña, ella regresó para encontrar a Shun y curarle la herida, terminando sentados en la montaña, escuchando la radio. Shun le confiesa a Asuna que él viene del mundo subterráneo de Agartha. Después de despedirse y quedándose sólo en la mañana, Shun mirando las estrellas cae al vacío.

Al siguiente día, Asuna regresa a la montaña para ver a Shun pero nunca volvió, y al regresar a su casa, Asuna se entera que Shun murió. Cuando Asuna vuelve a la montaña, se encuentra con Shin, el hermano de Shun, que fue a la superficie para recuperar el cristal que Shun utilizó para abrir las puertas de Agartha. De repente, Asuna y Shin son atacados por un grupo llamado los Ángeles, que quieren entrar a Agartha. Para escapar, Asuna y Shin se introducen en una cueva dentro de la montaña, siendo la entrada a Agartha. Entre disparos y confusiones, Asuna, Shin y el profesor nuevo de Asuna llamado Ryuji Morisaki, entraron a Agartha, comenzando una nueva aventura.

Al pie de la montaña se encuentra el pueblo de Asahigaoka, con tan pocas personas que sólo tienen una escuela con 5 estudiantes en un mismo salón de clases aunque sean de diferentes grados. Estos amigos son: Renge Miyauchi, una pequeña que se niega a que no vive en una ciudad; Natsumi Koshigaya la rebelde y despreocupada; Komari Koshigaya, hermana mayor de Natsumi aunque con menos estatura; Suguru Koshigaya, el estudiante callado y hermano mayor Natsumi y Komari; y Hotaru Ichijou, la estudiante transferida de Tokio.

En Asahigaoka, no poseen muchas de las comodidades de la ciudad, como por ejemplo para llegar a la tienda de dulces hay que pasar por un túnel que atraviesa la montaña. Pero este pueblo también posee sus atractivos, como cuando Renge, su hermana y única maestra del pueblo Kaori Nazuka, la otra hermana de Renge venida de Tokio, Hikage Miyauchi, y Kaede Kagayama, la dueña de la tienda de dulces, suben a la cima de la montaña a ver el primer amanecer de año nuevo. A pesar de ser un humilde pueblo no significa que sus habitantes sean pobres, los padres de Renge son propietarios de una de las montañas.

Una joven llamada Nanami Momozono se quedó sin hogar por las deudas de su padre, pero gracias a que salvó a un señor de un perro, este le ofreció su casa como gratitud. El señor salvado es Mikage, el Dios de la Tierra, y la casa es un templo en la cima de una montaña. Mikage le traspasó sus poderes a Nanami, sin que ella se diera cuenta. Cuando Nanami llega al santuario fue recibida muy amablemente por los guardianes de la capilla Onikiri y Kotetsu, pero de malas ganas por el familiar de Mikage, el yokai Tomoe.

Al principio Nanami no quería aceptar ser la siguiente deidad de la tierra pero al no tener a donde ir, decide quedarse en el templo. Cuando Nanami llegó al santuario era un lugar destruido, opaco y con pocos creyentes, pero desde su llegada esto empezó a cambiar, viéndose cada vez más hermoso. Adentrándose al bosque de la montaña se encuentra la entrada al mundo de los espíritus, donde Nanami fue a buscar a Tomoe para que regresara, terminando Tomoe obligado a ser el familiar de Nanami. Nanami debe demostrar ser una dios digna frente a los demás dioses y a Tomoe, por eso es que realiza un festival en el templo para atraer a más creyentes.

La historia se desarrolla cuando una joven bruja de 16 años llamada Makoto Kowata se muda a vivir a Aomori en una montaña con sus parientes segundo. Makoto todavía es una bruja en formación, no siendo muy buena en los hechizos, pero si en las pociones, por eso va a la montaña en busca de plantas; como cuando se fue a Shimo Oaki junto a sus primos Kei y Chinatsu Kuramoto y su compañera de clases Nao Ishiwatari para recoger plantas. En la montaña existe un templo donde viven espíritus, de allí un día fue a visitar a Makoto el Heraldo de la Primavera.

En medio de la montaña existe una cafetería que por afuera parece una casa destruida pero en verdad está mágicamente oculta para que no sólo las brujas sino también los espíritus disfruten de un rato agradable. Las tierras de la montaña son fértiles, por eso los padre de sus primos Kei y Chinatsu permitieron a Makoto utilizar el huerto detrás de su casa, para cultivar sus propias plantas medicinales. Además una vez Makoto, Kei, Chinatsu y Akane Kowata (hermana mayor de Makoto) fueron a ayudar a la granja de los Kuramoto a cosechar los manzanos.

Un joven estudiante llamado Kenji Koise es invitado por la chica más popular del instituto llamada Natsuki Shinohara para que lo acompañara el resto de las vacaciones a su pueblo natal de Nagano. Después de llegar a la finca de Sakae en Ueda en la cima de una montaña, Natsuki presenta a Kenji a su abuela de 90 años llamada Sakae Jinnouchi como su prometido. Esa misma noche y aunque están distanciado de la ciudad, Kenji recibe un extraño e-mail que rápidamente se pone a descifrarlo y a enviar la respuesta. En la mañana siguiente, se ve que el mundo real es un caos debido a que el mundo virtual de OZ está descontrolado, y están inculpando a Kenji de lo ocurrido.

El verdadero culpable es una IA llamada Love Machine, el cual apoderándose del avatar de Kenji intenta destruir los dos mundos. En esta alejada montaña empieza una batalla entre Kenji y Love Machine, donde con la ayuda de la familia de Natsuki instalan un servidor de emergencia para entrar a OZ. Pero Love Machine no se rinde y manda a caer un satélite en la casa de la montaña donde se encuentran todos. Ahora Kenji deben de detener la cuenta regresiva del satélite mientras que a la vez detiene a Love Machine.

Una joven llamada Mitsuha Miyamizu vive en el pueblo de Itomori, el cual está en una montaña rodeado de un lago que fue formado por la caída de un cometa. Un día Mitsuha empieza a intercambiar almas con un joven de Tokio llamado Taki Tachibana, empezando poco a poco a vivir y a conocer la vida del otro. Al ser Mitsuha una de las doncellas del templo familiar, ella comenzó el ritual de la creación del kuchikamizake, que es la realización del sake y que se cree que se convertirá en la "mitad de Mitsuha". Taki, en el cuerpo de Mitsuha, acompañó a la abuela y a la hermana de Mitsuha a dejar el kuchikamizake al santuario de Miyamizu que se encuentra en una cueva en la montaña.

Un día dejan de intercambiar de cuerpos, entonces Taki intenta viajar hasta Itomori, pero termina enterándose que el pueblo fue destruido hace tres años atrás por la caída de un cometa. Taki tratando de evitar la muerte de Mitsuha, va al santuario de Miyamizu y beber el kuchikamizake. Mitsuha y Taki intercambian una vez más sus cuerpos, Taki ve la vida de Mitsuha hasta su muerte; en cambio Mitsuha despierta en el santuario en el cuerpo de Taki, saliendo de la cueva y subiendo la montaña, ve que la mitad de Itomori ha desaparecido. A pesar de la conmoción, en la cima de esa montaña por primera vez Mitsuha y Taki se encuentran frente a frente ya en sus respectivos cuerpos. Conversaron de muchas cosas, lo que hizo Taki para encontrarla, lo que sentían, pero también como salvar al pueblo.

Heidi es una niña huérfana que a los cinco años fue a vivir a la montaña de los Alm en los Alpes, en una cabaña con su abuelo. Al principio el "Viejo de los Alpes", como lo llamaban los aldeanos al abuelo de Heidi, no le agradaba estar al cuidado de una niña, pero el buen corazón de Heidi hace cambiar su carácter. Para Heidi es toda una maravillosa aventura vivir en la montaña, allí se hace amigo de un pastorcillo llamado Pedro, que juntos dan agradables paseos en la montaña mientras pastorean las cabras. Pero un día la tía de Heidi, Dete, llega y se lleva a Heidi a Alemania.

Heidi empieza a vivir como la acompañante de Clara Sesemann, quien es una niña inválida, pero al poco tiempo se hacen muy buenas amigas. Aunque a Heidi le gustaba estar con Clara se sentía encerrada y poco a poco empezó a enfermarse, es entonces que el médico familiar de los Sesemann, el doctor Klassen, indicó que la cura para Heidi era volver a los Alpes, y así lo hizo. Heidi es recibida con los brazos abiertos por su abuelo, Pedro, y todos sus amigos en su amada montaña. Poco tiempo después, Clara pasa un tiempo de vacaciones en la montaña. A pesar que a Clara se le dificulta movilizarse en la montaña, ella queda encantada, cambiando su vida para bien.

En la montaña de Dios, fue abandonado un bebé que relativamente murió, pero la montaña le concedió el hechizo de continuar viviendo, siempre con la misma edad de un joven, pero con la condición de que no podría ser tocado por los humanos o desaparecerá. Este espíritu se llama Gin, el cual oculta su rostro con una máscara blanca. A los pies de la montaña hay un pueblo, donde todos los años llega una niña llamada Takegawa Hotaru a tomar sus vacaciones. A los 6 años, Hotaru se pierde en la montaña, pero fue rescatada por Gin, ayudándola a salir, desde ese día Hotaru y Gin se hicieron amigos, regresando Hotaru todos los años para estar con Gin.

Todas las veces Hotaru y Gin se reunían en una entrada al pie de la montaña, Hotaru siempre le muestra cosas nuevas como su nuevo uniforme cuando paso a secundaria, o cuando le regaló una bufanda a Gin. Los años no pasaban para Gin, pero Hotaru se transformó de una niña a una hermosa joven, quien poco a poco va ganándose el corazón de Gin. Una vez al año, en la montaña, los espíritus por la noche celebran un festival como los hacen los humanos; por primera vez Gin invita a Hotaru al festival por tener suficiente edad para no asustarse.

Kazuma Hoshino y su hermano menor Ayumu Hoshino se mudan a un pueblo por la enfermedad de Ayumu. En la estación de bus del pueblo se topan con un mono que le quita el sombrero de Ayumu, y Kazuma sale corriendo tras el mono, adentrándose en la montaña, pero termina perdiéndose. En la montaña, Kazuma conoce a Ui Nakatsugawa quien estaba recogiendo plantas; ella le ayuda a regresar a la estación pero cuando cruza un río Kazuma tropieza, cae encima de Ui y la besa accidentalmente. Pero no es la primera vez que Kazuma encuentra a alguien en esa montaña, cuando era niño, él conoció a Madoka Kōmoto haciéndose amigos.

Kazuma y Ayumu van conociendo diferentes lugares de la montaña, como el mirador que es el lugar secreto de Ui e Ibuki Hinata para desahogarse. Otro lugar es el templo donde Madoka es la sacerdotisa, y donde Kazuma se enfrenta al padre de Hina Sakai para que deje ir a Hina a la universidad. En el pueblo realizan una ceremonia para festejar la leyenda de las montañas gemelas, que se dice que las deidades Megami y Ogami confesaron su amor. Por caprichoso del destino y de sus amigos, Kazuma termina representando a Ogami y Ui a Megami, encontrándose inesperadamente frente a frente en los carruajes ceremoniales.