El Stride es un deporte extremo que involucra relevos, parkour, carrera libre y carrera de velocidad, donde se compiten en grupo de cinco integrantes y un relacionista. De todo Japón, se reúnen jóvenes estudiantes en Tokio para la mayor competencia de Stride, el End of Summer. La academia Hōnan, en sus buenos tiempos fue una de las mejores ganadoras de Stride, pero ahora ya no existe el club de Stride. Es allí donde dos nuevos estudiantes de primer año, Takeru Fujiwara y Nana Sakurai, restablecen nuevamente el equipo de Stride, reclutando a los demás miembros y participando en verano.

Como su título lo indica, ésta serie se desarrolla en las calles del actual Tokio, pero mostrando el lado pobre de la ciudad. Es la víspera de Navidad y tres vagabundos encuentran un bebé en la basura. Los vagabundos Gin, Hana y Miyuki recorren por la ciudad de Tokio para encontrar los padres de la bebé que la llamaron Kiyoko. Mientras corren por toda la ciudad, se puede apreciar cómo se crean lazos entre personas extrañas, involucrando milagros, familia, amor y perdón. Además se puede apreciar que a pesar de que Tokio es una metrópolis con sus altos edificios también conservan sus costumbres como el de dejar ofrendas a los muertos en el cementerio, y que esto le sirvió de alimento a los personajes.

La vida de una joven llamada Misaki Suzuhara cambio al llegar a Tokio para vivir con su tía Shouko Asami. Después de que Misaki llega a la ciudad, justo a fuera de la estación de Tokio, se topa con una gran pantalla donde se transmitía en vivo una batalla entre dos muñecas llamadas Angelic Layer. En Tokio está en auge este tipo de encuentros, llamando la atención de Misaki y siendo convencida por un desconocido llamado Icchan en crear su propio ángel. Las batallas de Angelic son comunes en Tokio, es así que Misaki es involucrada a participar en el torneo.

Para enfrentarse a dicha competencia, Misaki pudo entrenar en uno de los tantos lugares de Tokio donde se puede alquilar una capa para practicar mover y pelear con el ángel. La habilidad de Misaki hace que quede en segundo lugar, pidiendo competir en el Torneo Regional de Kantou. Pero no todo es batalla en Tokio, Misaki va a la academia Eriol, donde conoce y se hace amigo de Hatoko Kobayashi, Hatoko Kōtarō y Tamayo Kizaki, que la apoyan en su progreso tanto como Deus (jugador) como en lo personal.

Para algunos, Tokio es un lugar turístico y para otros es un sitio de escape, y esto último es lo que significa Tokio para Banri Tada. Banri no sólo fue a Tokio para entrar a la universidad, sino que él sufrió un accidente, perdiendo la memoria, y ocasionando que huyera hacia Tokio para no ver a su familia ni amigos que no reconoce, viviendo sólo en un departamento. La que le ayudó a decidirse a Banri a ir a Tokio fue Rinda Hayashida, una amiga de Banri que no recuerda. Rinda también estudia en la misma universidad en Tokio, presentándose con Banri como sólo una senpai, ocultando que lo conoce. Pero Banri no es el único que fue a la universidad de leyes en Tokio para escapar, Mitsuo Yanagisawa también fue allí escapando de su amiga de la infancia Koko Kaga, quien estaba obsesionada con Mitsuo. Es en Tokio donde descubren el verdadero amor, la amistad y el poder para enfrentar sus temores.

Un joven llamado Hideki Motosuwa llega a Tokio para poder entrar a la universidad. Como es de esperar de una capital, en Tokio se encuentra rodeada de la mejor tecnología, algo que impresiona a un campesino como Hideki. Lo más atrayente de Tokio es ver como se pasean por sus calles tanto personas como persocons. Pero como toda gran ciudad, lo que se daña se desecha, es así que Hideki puede encontrar a una persocon tirado en la basura.

Hideki enciende la persocon y afortunadamente funciona, pero sus datos fueron borrados, es así que Hideki debe enseñarle las cosas como a una niña. La persocon fue nombrada Chii y junto con Hideki disfrutan de la mutua compañía como de adaptarse a sus nuevas vidas. Al ser Tokio una ciudad tecnológicamente avanzada con respecto a los persocons, es ideal para que Chii, una persocon de la serie Chobits, controle a todos los demás persocons.

Tokio, una ciudad aparentemente tranquila, está envuelta de misterios, rumores, leyendas y pandillas. Al distrito central de Tokio, Ikebukuro, un pueblerino llamado Mikado Ryuugamine llega por invitación de su amigo de la infancia Masaomi Kida. Mikado, quien siempre ha deseado la emoción de la vida en una gran ciudad, es testigo de una de las más famosas leyendas urbanas, la de Black Rider, un motociclista sin cabeza que conduce a través de la ciudad. En su primer paseo en la gran ciudad de Tokio, Masaomi le advierte a Mikado sobre las personas que no debe molestar como Shizuo Heiwajima, un camarero violentamente fuerte, Izaya Orihara, un peligroso comerciante, y sobre todo alejarse de la misteriosa banda llamada Dollars. La historia va desenvolviéndose entre once personajes y cómo sus vidas en Ikebukuro se cruzan, desatando conmoción en la gran misteriosa y violenta ciudad de Tokio.

Japón es una isla propensa a los desastres naturales. Es aquí en Tokio donde se dio un terremoto de magnitud 8.0 en la escala de Richter. El terremoto provocó que las grandes edificaciones de Tokio, como la torre de Tokio, el puente arcoíris, entre otros, se encuentren destruidos. Entre tanto caos y destrucción se puede encontrar la solidaridad y la compasión, es así que Mari Kusakabe, una motocicleta que viaja para regresar a su casa a ver a su hija, cuida y ayuda de los hermanos Mirai y Yūki Onozawa a llegar a su hogar.

Estos dos niños sólo estaban en una exposición de robots en Odaiba por vacaciones cuando ocurrió el terremoto en una de las regiones de Tokio, en Kanto, y ahora luchan por regresar a casa. Mari, Mirai y Yūki emprenden un arduo viaje por la ciudad devastada de Tokio.

En Tokio es el lugar donde se reúnen las Sailor Scout, protectoras de la Tierra. La verdad es que estas jóvenes heroínas son del reino de la Luna, que al ser destruido su reino, la Reina Serenity los revivió en la Tierra, en Tokio. Al principio las Sailors tenían una vida normal en Tokio, hasta que la gata parlante Luna las fue reuniendo para encontrar a la princesa de la Luna que resultó ser Sailor Moon. Sailor Moon es en verdad Usagi Tsukino, una estudiante mediocre pero con un gran corazón que vive en Tokio del siglo XX, en el distrito de Azabu Jūban.

En el futuro, en el siglo XXX, Tokio se convierte en la capital del segundo reino del Milenio en la Tierra, cambiando su nombre a Crystal Tokyo, donde Usagi se convierte en la reina que gobierna con su esposo el rey Endymion. Lamentablemente Crystal Tokyo fue casi destruido y por eso Chibiusa viaja al Tokio actual para llevar a Sailor Moon a Crystal Tokyo. La serie transcurre mayormente en el Tokio actual, pero también hay que destacar a Crystal Tokyo.

La batalla final por el destino del mundo se desatará en Tokio, donde la decisión de conservar o destruir la humanidad recae en un joven llamado Kamui Shirou. Todo empieza a moverse cuando Kamui regresa a Tokio después de que su madre lo alejó por 6 años, pero el último deseo de su madre fue que regresará a Tokio donde se encuentra su futuro. De todas partes de Japón se están reuniendo en Tokio los dos bandos apocalípticos: los dragones del cielo o los siete sellos, y los dragones de la tierra o los siete ángeles. Los dragones del cielo son los que desean conservar la Tierra como está actualmente y por eso son los protectores de los kekkai que son edificaciones utilizadas como barreras espirituales para posponer el día del juicio, y todos estos kekkai se encuentran en Tokio.

Los kekkai que se ven en el anime y que poco a poco son destruidos por los dragones de la tierra son: Sunshine 60, la estación de Tokyo - línea Yamanote, el barrio de Shinjuku, el Puente del Arcoíris, el Parque de Inokashira, el Santuario Yasukuni y la kekkai final la Torre de Tokyo. Todos estos kekkai (y algunos otros más que aparecen en el manga) son edificaciones reales de Tokio, así como el edificio del Parlamento de Kokkai, que es donde se encuentra Hinoto quien guía a los dragones de los cielo, y el edificio del Gobierno Metropolitano de Tokyo que es la base de los dragones de la Tierra. Es en la Torre de Tokyo donde se desata la batalla final por el futuro del mundo.

La era Tokugawa termina y da comienzo a la era Meiji, cambiándose el emperador a la antigua Edo y nombrandolo Tokio. Es en esta época donde se desarrolla esta serie, dando fin al feudalismo y a los samuráis. Nuestro protagonista Himura Kenshin, quien fue un samurái despiadado, ahora se ha convertido en un vagabundo que ayuda a las personas para redimir por las muertes que provocó. El anime comienza con la llegada de Kenshin a Tokio, donde conoce a Kamiya Kaoru y por ella es que termina quedándose en Tokio.

Todas las aventuras que pasa Kenshin para conservar esta nueva era sin llegar a convertirse nuevamente en el Battousai el destajador, lo pasa en Tokio. Además de ser allí donde conoce a nuevos amigos como un niño huérfano llamado Yahiko Myōjin, un luchador a sueldo llamado Sagara Sanosuke y la doctora Takani Megumi. A pesar de que el anime se trate del antiguo Tokio, sus lugares son auténticos, allí se muestra el puente de madera Nihonbashi, que fue donde floreció el comercio, y aunque actualmente ya no existe, hay una réplica en el museo de Edo Tokio.