Takashi Natsume es un joven que ha sido capaz de ver youkai desde que era un niño. Desde que heredó el libro de amigos de su abuela Reiko, una recopilación de contratos que demuestran que ella había hecho a los youkai sus seguidores, se pasa el día devolviendo los nombres de youkai a sus propietarios junto a su autoproclamado youkai escolta, Nyako-sensei.

Como Natsume conoce a todo tipo de youkai y a gente de buen corazón y construye un lugar cálido a dónde pertenecer, empieza a preguntarse cómo proteger a los seres humanos, youkai, y otras cosas que son preciosas para él.