Mari Hayase está en el segundo año de escuela media, es muy alegre y hace lo mejor que puede. Atesora el compas Armillary sphere que le dio su padre, un cientifico reconocido, tres años despues de su desaparición.

Un día, Mari encuentra al hermano de Waka en el cuarto de Shun. Encuentra un libro que le pertenecia a Eiji, se trataba sobre imanes, electricidad, inventos y descubrimientos. Desde ese libro se emite una luz que se la traga y la lleva a otro tiempo y dimensión.

Hacia donde sea que apunte el Armillary , es el tiempo hacia donde se transporta. EN sus viajes conoce a varios cientificos, junto a Waka y Shun. Siguen los pasos de Eiji con esperanzas que lo encontrarán. Jou Mikage también está en busca de Eiji.

Hay un drama tras la desaparicion de Eiji. Mientras esta en el pasado, Mari debe resolver misterios y descubrir cosas junto a cientificos importantes de la historia. Esto ayudará al presente.