Todo comenzó hace 17 años en África. El ejército estadounidense fue el primero en atrapar a un inmortal, también conocido como un "Soldado de Dios”. En ese momento, se confirmó la existencia de un Ajin. No importa de qué manera hayan muerto; enfermedad, accidente, etc. pueden regenerar sus cuerpos inmediatamente a un perfecto estado de salud. Este es el sueño de la humanidad; con un sinfín de posibilidades. A partir de ese incidente, 46 han sido descubiertos en todo el mundo y dos están en Japón. Sin embargo, son físicamente extraños, y es aún más difícil saber de lo que están hechos. Así que la teoría es "hasta que los matemos varias veces, no sabremos lo suficiente sobre ellos". Debido a esto, se cree que hay más en el mundo.

Un día, mientras caminaba hacia su casa después de la escuela, el preparatoriano Kei Nagai muere. Sin embargo, revivió inmediatamente y completamente ileso. Esto haría de Kei el tercer Ajin que se ha descubierto en Japón. Kei ahora tiene que evitar a la Agencia de Gestión de Ajin ya que vienen por él. Para complicar más las cosas, ahora hay una recompensa por su cabeza. Él consigue la ayuda de su amigo de la infancia, Kaito, y huye a las montañas para esconderse. Sin embargo la policía ha activado a las fuerzas de emergencia, para tratar de encontrarlo y se están acercando. Kei trama un plan para huir de nuevo.

Uno de los dos Ajin en Japón llamado Tanaka se escapa de su encierro y comienza a poner en práctica una serie de ataques terroristas. Tosaki, el jefe de la Agencia de Gestión de Ajin ahora tiene que encontrar a Kei y detener estos ataques. También tiene echado el ojo a la hermana menor de Kei, Eriko Nagai. Sin embargo, para colmo, hay otro Ajin que ha jurado vengarse de la humanidad y una criatura extraña negra llamada IBM anda suelta.