Yoshika Miyafuji perdió sus poderes mágicos de bruja en la última batalla, impidiendo el uso de los Striker Units, pero al querer ser de ayuda de alguna forma, empieza a estudiar para convertirse en médico de la clínica familiar. Yoshika tiene la visita de una de las nuevas brujas de la Armada Imperial Fuso llamada Shizuka Hattori, quien le entrega el mensaje de que obtuvo una beca para estudiar en Europa. Al estar de acuerdo Yoshika, Shizuka se convierte en su escolta. Mientras tanto, los enemigos de otro mundo llamados Neuroi, ha evolucionado en un nuevo tipo, siendo un gran desafío para las habilidades de las brujas debido a que se pueden transformarse y bloquear las comunicaciones. En medio de su camino, Yoshika se topará con estos nuevos Neuroi, empezando una nueva gran batalla mágica para salvar a la humanidad.

Nanoha Takamachi es una estudiante normal hasta que ayuda a un hurón herido que resulta ser un mago de otro planeta llamado Yuuno Scrya. Yuuno le pide ayuda a Nanoha para recolectar las 21 Jewel Seeds que son joyas con enorme poder mágico. Nanoha al aceptar ayudar a Yuuno, él le concede el poder para transformarse en Mahou Shoujo por medio de la joya Raising Heart que se convierte en báculo. Pero no son los únicos que están recolectando las joyas, otra chica mágica llamada Fate Testarossa, está consiguiendo las joyas para su malvada madre Precia Testarossa. Mientras que para Nanoha la recolección de las joyas es para dar sentido a su vida, para Fate es para conseguir la aceptación de su madre. A pesar de que Nanoha y Fate se enfrentan como enemigas, después llegan a ser grandes amigas.

Un dios llamado Celestin, que fue ex mentor de la diosa Belldandy y encarcelado por traicionar el reino de Yggdrasil, es liberado por Morgan Le Fey. Cuando Celestin se reúne con Belldandy en la Tierra, él la besa para infectarla con un virus que es utilizada como catalizador para que el virus llegue a Yggdrasil, provocando aislar el cielo y la Tierra como medida de seguridad. Cuando Belldandy despierta, los que se encuentran a su alrededor se dan cuenta de que el virus le ha borrado todos los recuerdo que Belldandy tiene sobre Keiichi Morisato. Al descubrir Belldandy lo que le hizo Celestin queda confundida, aprovechando Celestin esto para utilizar el virus y provocar una reacción de enorme cantidad de energía mágica incontrolable, pero gracias a Belldandy se pudo disipar la energía.

Se descubre una vacuna para Belldandy con el riesgo de perder sus recuerdos permanentemente, pero al vacunarse se dan cuenta que el virus es un troyano, provocando infectar el sistema principal de Yggdrasil, para que Celestin pudiera hackear los ordenadores. A la vez, Celestin posee a Keiichi, y crea un enorme campo mágico que se traga el templo y el bosque. El cielo autoriza a mandar un ataque contra Celestin pero Belldandy lo protege para que no asesinen a Keiichi. Es entonces que Keiichi toma prestado los poderes de Celestin para que no destruya a la Tierra ni a Yggdrasil.

Sakura Kinomoto es una niña que ha reunido las Cartas Clow y convertirlas en Cartas Sakura. Después de este suceso han pasado cuatro meses, Syaoran Li y Meilin Li han regresado de Hong Kong a la ciudad de Tomoeda para pasar las vacaciones, pero esta reunión se vuelve incómoda porque la última vez que se vieron, Syaoran le confiesa a Sakura que le gusta y se fue sin tener una respuesta por parte de Sakura. Al mismo tiempo, se siente una presencia parecida a una Carta Clow, quien le está quitando a Sakura varias de sus cartas mágicas y desapareciendo ciertas cosas de la ciudad. Una llamada de Eriol Hiragizawa desde Inglaterra le aclara a Sakura que se trata de la última carta que el mago Clow creó con magia negativa para poder balancear las otras 52 cartas de poder benigno.

La carta debía de estar sellada, pero al destruir la casa donde se encontraba y transformar todas las demás cartas, el sello se rompió. Para que la carta no se lleve a toda la ciudad al vacío, Sakura debe sellarlo, sacrificando su sentimiento más importante. Empieza una mágica batalla entre Sakura, con la ayuda de sus cartas y de Syaoran, contra la última carta Clow. Sakura pierde todas sus cartas y la ciudad es tragada por el vacío, viéndose Sakura obligada a sellar la carta y resignarse a entregar su amor por Syaoran. La magia transforma esta carta en la carta de la esperanza, sabiendo que al final todo estará bien.

Hace años apareció en el sistema solar la princesa Kaguya quien poseía el poder de crear y manipular la nieve y el hielo. Gracias a la magia del Cristal de Plata, impidió que Kaguya congelará la Tierra, enviado a Kaguya lejos. En pleno siglo 20, Kaguya regresa por medio de un cometa, pero llega a perder una pieza del cometa, impidiendo completar su congelación, mandando a sus sirvientes a buscarlo. El que encontró el trozo del cometa es un joven astrónomo llamado Kakeru Ōzora. Por otro lado, Luna, la gata de Sailor Moon, al estar enferma es rescatada de ser atropellada por Kakeru, llevándola a su casa para curarla.

Luna se da cuenta de que el pedazo de cometa está robando la energía de Kakeru, haciendo que enferme. Al final Kaguya encuentra el trozo de cometa y pone en marcha su plan para congelar la Tierra. Las Sailor Scout llegan para detener a Kaguya, uniendo sus poderes mágicos para activar el Cristal de Plata y destruir a Kaguya. Aun activada la magia, Sailor Moon convierte momentáneamente a Luna en humana para que se presentará con Kakeru, y ser transportados al espacio para contemplar la luna y la Tierra, para después despedirse alentando Luna a Kakeru para que continúe con su trabajo.

En el reino de Terramar están sucediendo cosas extrañas, como la visualización de la pelea de dos dragones, siendo pronóstico de mal presagio, debido a que el mundo humano y el de los dragones no deben tocarse. Por este fenómeno, el archimago Gavilán decide investigar la causa, emprendiendo un viaje. En su camino, Gavilán se topa con un joven príncipe llamado Arren, quien está escapando de su pasado y de su lado oscuro que asesinó a su padre. El lado oscuro de Arren le otorga poder mágico en los momentos más críticos pero también lo llena de odio y crueldad, llegando a detestar su vida.

Gavilán viendo la situación de Arren, decide que lo acompañe en su viaje. En medio de su viaje se detienen en un pueblo, en donde Arren utiliza su poder para salvar a una joven misteriosa llamada Theru, quien no lo quiere por su actitud. La maga oscura Cob, quien quiere la vida eterna, se aprovechará del poder de Arren, utilizando sus temores para deshacerse de su rival Gavilán. Ahora Arren debe enfrentar su propia oscuridad para salvar a los que quiere.

La tradición de las brujas es que al cumplir los 13 años se vuelvan independiente por un año, es por eso que una brujita en entrenamiento llamada Kiki abandona la casa de sus padres para buscar una ciudad que requiera de sus servicios. Esta prueba lo realiza Kiki para aprender a valerse por sí misma y convertirse en bruja definitiva, y sólo tiene la ayuda de su amigo gato parlante Jiji. Volando en su escoba, Kiki llega a una ciudad marina para instalarse sin saber qué hacer. Poco después, Kiki le hace un favor a la panadera Osono quien uno de sus clientes había dejado el chupón de su bebé.

Gracias a este acto, Osono permite que Kiki se quede a vivir en la parte superior de la panadería encontrando Kiki un lugar donde vivir. Desde ese lugar, Kiki monta un negocio de entrega a domicilio, donde realiza varios recados volando con su escoba, aunque no todo le fue fácil, como cuando al entregar un gato de juguete, Kiki pierde el paquete, terminando Jiji fingiendo ser el muñeco hasta que Kiki lo cambio por el verdadero juguete. En esa misma ciudad, Kiki se topa con Tombo Kopoli quien queda fascinado con Kiki, pero ella no se lleva bien al principio, pero después llegan a ser grande amigos, incluso Kiki salvó a Tombo de caer de un dirigible al acercarse en su escoba.

En el mundo mágico, existen dos hermanas llamadas Yoyo y Nene que son brujas del bosque, que utilizan su poderes mágicos para realizar trabajos como maldecir o quitar maldiciones. Un día, el mundo mágico empezó a cambiar, apareciendo extraños edificios en medio del bosque. Yoyo y Nene fueron a investigar, terminando Yoyo tragada por uno de estos edificios y trasladada al mundo humano. Allí Yoyo conoce a Takahiro y Kensei, quienes sus padres fueron maldecidos y convertidos en monstruos. Al comunicarse Yoyo con Nene, a través de una bola de cristal, se dan cuenta que hay alguna relación entre la maldición en el mundo humano y los edificios en el mundo mágico, comprometiéndose Yoyo a investigar y desencantar la maldición.

A pesar que Yoyo no perdió su magia, poco a poco se iba debilitando sus poderes, teniendo un tiempo límite para resolver los problemas de ambos mundos. Mientras que Yoyo rastrea la ubicación de la maldición por medio de artefactos mágicos, Nene intenta ganar tiempo en el mundo mágico que quieren destruir los edificios que hacen puente entre el mundo humano y el mágico. Todo se complica cuando se descubre que antes, otra bruja llegó al mundo humano pero se quedó allí al terminar sus poderes, pero conservó una piedra mágica que al morir pasó a manos de su esposo que lo manipuló, creando esta distorsión que cada vez se está descontrolando más, regando la maldición por todo el mundo humano, ocasionando que más cosas sean trasladada del mundo humano al mundo mágico.

La prestigiosa Academia Mágica Luna Nova es la encargada de preparar a las jóvenes estudiantes para convertirse en brujas. Pero no todas son habilidosas, existiendo un trío de brujas revoltosa que causan problemas en la academia, aunque no lo hagan a propósito, siendo estas Akko Kagari, Sucy Manbavaran y Lotte Yanson. En su último experimento fallido de hacer pociones, Akko, Sucy y Lotte fueron castigadas, y junto con otras tres estudiantes son las encargadas de organizar el desfile anual de las brujas. Este desfile es realizado por las brujas para fraternizar con las personas normales, pero el pueblo considera la magia algo del pasado, siendo las brujas la burla del desfile, ocasionando que las brujas odien dicho evento.

Akko se propuso que el desfile demuestre a todos los del pueblo lo maravilloso que puede ser la magia y que las brujas son modernas e impresionantes. Pero para Akko no le será fácil de conseguirlo debido a su ineptitud con la magia y de pelearse con sus amigas. La magia fuera de la academia solo dura unos pocos minutos y es por eso que Akko toma "prestado" la piedra filosofal para que la magia dure. Al final, Akko consiguió realizar un majestuoso espectáculo, con escobas bailando, fuegos artificiales y un gran barco volador. Pero todo se complica cuando por una excavación, hacen que despierte un poderoso dragón enloquecido en medio del desfile. Pero las brujas hacen creer al pueblo que el dragón es parte del espectáculo, terminando con un evento mucho mayor.

La Ciudad Academia es un lugar donde se ha desarrollado tanto tecnológicamente, con poderes psíquicos, como mágicamente. En el vuelo de avión Spaceplane Orion hubo una falla donde milagrosamente las 88 personas que estaban en el vuelo sobrevivieron. Debido a este incidente, se decidió crear el primer ascensor espacial del mundo llamado Endymion para llegar al espacio, pero esto sólo es una fachada para ocultar que dicho ascensor es un gran catalizador de magia. Ladylee Tangleroad está a cargo del ascensor pero para completarlo necesita del extraño poder oculto de una chica llamada Arisa Meigo que parece tener el poder de hacer milagros. Por esa razón Ladylee manda a Shutaura a capturar Arisa.

Pero no es la única que va tras su poder, sino que los magos quieren destruirla por considerarla peligrosa. Afortunadamente, Arisa conoce y se hace amiga de Touma Kamijou, un estudiante con un poder en su mano derecha que anula cualquier fenómeno tanto psíquico como mágico, y de Index, una monja que posee en su mente el conocimiento de 103.000 libros mágicos. Tanto Touma como Index ayudan a Arisa para que siga su sueño de ser cantante, mientras la protegen tanto del bando mágico como científico. En esta película se desenvuelven emocionantes peleas mágicas tanto para capturar a Arisa como para salvar a las personas que se encuentran dentro del ascensor que va a caer.