O-Ei Katsushika es una de las hijas del gran pintor Tetsuzo, en la época Edo. En dicha época vivían campesinos, samuráis, artistas, nobles y cosas sobrenaturales como ver salir manos o cabeza astral de un cuerpo. O-Ei ha heredado el talento y la obstinación de su padre, pintando muchas veces en su lugar las cosas sobrenaturales que presencia.

O-Ei posee un don poderoso por el arte, pudiendo hacer descender un dragón del cielo para pintarlo. Pero en ocasiones este poder le causa problema, como cuando O-Ei entregó una de sus pinturas sobre del infierno budista, la esposa del que compró la pintura empezó a ver cosas extrañas; Tetsuzo le indicó que fue por no atar los cabos, terminando pintando la imagen de Amitābha.

Se ha comenzado los preparativos para el gran festival de la ciudad que se celebra cada 11 años, a la vez, se están reparando las barreras que protegen la ciudad de los demonios. Mientras tanto, Rin Okumura, Yukio Okumura y Shiemi Moriyama tienen la misión de exorcizar el Tren Fantasma, pero la misión se complica cuando Rin y Shiemi desea salvar a las almas atrapadas en el tren, provocando que el tren se descontrole y destruya un santuario.

Entre tanto alboroto, Rin encuentra un pequeño demonio llamado Usamaro con la apariencia de un niño, quedando Rin a su cuidado al ver que es un buen demonio. Todo se vuelve un caos cuando la reparaciones de la barrera no se completa, empezando a entrar los demonios a la ciudad, al mismo tiempo, los exorcistas han perdido la memoria de su deberes, dejando sus obligaciones para solo celebrar. Poco a poco se irá descubriendo quién realmente es Usamaro y porque estaba sellado en el santuario destruido por el tren.

El sonido de una lluvia de campanas se escucha en el bosque mientras a la vez nace una niña con ramas y hojas fuera de su cuerpo. Esta niña es Kaya, que a pesar de ser rara, su familia la quiere, pero un día cuando estaba con su hermano mayor, Kaya desaparece. Un mushi-shi llamado Ginko, pasa por el bosque para dar sus respetos al Señor de la Montaña, encontrándose que el señor es la joven Kaya, quien débilmente cumple con su deber.

Al salir del bosque, Ginko se tropieza con el hermano de Kaya quien todavía la sigue buscando, pero Ginko le advierte que la deje sino habrá consecuencias para la montaña y el pueblo. Pero un día Kaya y su hermano se vuelven a encontrar, y Kaya empieza a recordar sus días como humana. Ahora Kaya posee sentimientos divididos entre sus obligaciones como señor mushi y tener una familia humana, ocasionando que haya niebla en la montaña, que provoca que los aldeanos se pierdan o se enfermen.

Un alma fue expulsada del ciclo de reencarnación por un grave pecado que había cometido. Esta alma estando en el purgatorio, se encuentra con un ángel de nombre Purapura quien le da la oportunidad de volver a la vida para averiguar el error cometido en su vida anterior; para lo cual, el alma ocupará temporalmente el cuerpo de un joven de 14 años llamado Makoto Kobayashi, que se suicidó ingiriendo pastillas.

Ahora este espíritu posee un plazo para averiguar su pecado y porque Makoto se suicidó, mientras es vigilado por Purapura. Al principio el alma se angustia por tener que vivir la vida de Makoto, quien tenía una familia con problemas pero que intentaba volverse a llevarse bien después que su hijo intentó suicidarse. Aparentemente Makoto sólo era bueno en la pintura, donde expresaba su dolor, dándose cuenta que el mundo es demasiado colorido para distinguir su verdadero color de entre los demás.

Un profesor llamado Tatsuo Kusakabe y sus dos hijas, Satsuki Kusakabe (11 años) y Mei Kusakabe (4 años), se mudaron a una vieja residencia rural para estar más cerca del hospital donde se encuentra la madre de las pequeñas. Satsuki y Mei descubren que la casa está habitada por pequeñísimos espíritus oscuros de forma de hollín llamados susuwatari, que al ver que las niñas son buenas personas dejan la residencia. En otra ocasión, cerca de un gran árbol de alcanfor, Mei conoce y se hace amigo de un espíritu con la apariencia de un enorme conejo quien Mei lo nombró Totoro. A pesar que Mei intentó llevar a su familia a conocer a Totoro, no logró llegar al árbol, pero su padre la consuela diciéndole que de seguro Totoro es el guardián del bosque y que aparecerá cuando él quiera.

Totoro vuelve a presentarse en una noche de lluvia, cuando las dos niñas fueron a la parada de bus a esperar a que llegue su padre. Satsuki le presta un paraguas y Totoro empieza a jugar con el sonido que hace las gotas al caer sobre el paraguas. Al rato llega un autobús en forma de gato gigante que se detiene para recoger a Totoro. Desde entonces estas dos niñas han tenido innumerables aventuras con Totoro, como cuando bailaron a medianoche junto a otros dos espíritus para que crezca un árbol; o cuando escapa Mei para ver a su madre, Sanuki le pide ayuda a Totoro quien convocando al gatobús para encontrar a Mei.

Momo Miyaura es una joven de 11 años, que acaba de perder a su padre inesperadamente, mudándose ella y su madre a la isla de Shio, en el mar interior de Japón. La última vez que Momo vio a su padre tuvieron una discusión, es por eso que Momo siempre lleva consigo una carta de su padre el cual sólo dice “Querida Momo”. Mientras Momo intenta adaptarse a la anticuada vida de la isla, empiezan a suceder cosas extrañas alrededor de ella, como la desaparición de la comida o escuchar ruidos en el ático. Momo descubre que está siendo perseguida por tres yokais que sólo ella puede ver.

Al principio Momo le temía a estos seres, pero poco a poco empezaron a entenderse, aunque le mintieron diciéndole que ellos salieron del libro de yokais que se encuentra en el ático. Pero estos yokais vinieron del cielo como guardianes, para vigilar a Momo y a su madre, mientras su padre llega al cielo. Pero ellos no son los únicos seres sobrenaturales que viven en la isla, sino que hay miles de ellos dispuesto a ayudar.

Un niño llamado Ren, quien acaba de perder a su madre y su padre no está, se escapa de sus tutores legales. Por otro lado, en el reino de la bestia, el Venerable ha decidido reencarnar en un dios, para lo cual debe escoger un sucesor que tome su lugar. Uno de los candidatos a Venerable es Iôzen, un noble peleador siendo popular por el pueblo y por sus dos hijos. El otro candidato es Kumatetsu, que aunque es muy fuerte también es renegon y solitario. Como el Venerable le obliga a Kumatetsu a tener un discípulo y nadie del reino de las bestias lo quiere, fue a Tokio, allí encuentra en la calle a Ren y le pregunta si quiere acompañarlo. Ren sigue a Kumatetsu hasta el reino de las bestias, sin saber como regresar al mundo humano.

Se dice que un humano no puede estar en el reino de las bestias porque estos guardan en su interior un poder oscuro que puede descontrolarse. Fue está la razón que Iôzen y Kumatetsu empezarán a pelear por traer a Ren. Aunque Ren al principio no quería ser discípulo de Kumatetsu por su terrible carácter, durante la pelea Ren se da cuenta que Kumatetsu estaba sólo como él, queriendo Ren ser fuerte como Kumatetsu. Pero el entrenamiento no empieza bien porque Kumatetsu nunca tuvo quien le enseñará para poder ahora enseñar, de esta manera empiezan Kumatetsu y Ren a aprender juntos. Pasaron ocho años, Kumatetsu se convierte en un admirado maestro y Ren un reputado peleador. Pero todo se complica cuando Ren descubre como volver al mundo humano y a la vez está cerca la pelea para definir el sucesor del Venerable.

Chihiro y sus padres se mudaron a otra ciudad, y en medio camino se detuvieron para cruzar a pie un extraño túnel. Al otro lado había un pueblo aparentemente abandonado, pero encontraron un restaurante donde los padres de Chihiro deciden quedarse a comer. Chihiro empezó a recorrer los alrededores y se encuentra con un joven misterioso llamado Haku, quien le ordena que se marche antes de que anochezca. Al anochecer, comenzaron a aparecer una gran variedad de espíritus, Chihiro correr hasta sus padres para encontrarlos convertidos en cerdos. Chihiro aterrada decide huir, pero su brazo empezó a ponerse transparente. Afortunadamente Haku aparece, dándole a comer a Chihiro una baya para que no desaparezca.

Haku lleva a Chihiro a una casa de baños termales para espíritus, allí la manda con Kamiji (un calderero araña), para que consiga a toda costa un trabajo o se convertiría en cerdo. Kamiji no acepta a Chihiro por ya tener a los susuwatari como asistentes, encomendandosela a Lin para que la lleve con la bruja Yubaba y trabaje en los baños. Yubaba no quería a Chihiro, pero gracias a su insistencia, Chihiro logró convencer a Yubaba, firmando un contrato y cambiando su nombre por Sen. A la mañana siguiente Chihiro se reencuentra con Haku, quien le indica que no debe olvidar su verdadero nombre sino Yubaba podrá controlarla y jamás podrá salir del mundo de los espíritus, como le sucedió a Haku. Mientras Chihiro encuentra la forma de volver a la normalidad a sus padres y regresar a casa, conoce muchos otros espíritus mientras trabaja en la casa de baños, como el Sin Rostro o el espíritu Oloroso.

Un fenómeno sobrenatural le pasa a dos jóvenes, Mitsuha Miyamizu y Taki Tachibana, quienes sin conocerse empezaron un día a intercambiar de cuerpos. Mitsuha es una joven del pueblo de Itomori, doncella del templo familiar y que desea ir a Tokio, en cambio Taki es un joven de Tokio que solo se concentra en los estudios y en su trabajo de medio tiempo. Cada cierto tiempo, tanto Mitsuha como Taki se intercambian de almas cuando se quedan dormidos, empezando a vivir la vida del otro, pero cuando despiertan en sus respectivos cuerpos solo quedan borrosos recuerdos como un sueño. Para intentar llevar dicha doble vida, ellos decidieron escribir un diario para que la otra persona sepa que hicieron con el cuerpo prestado, además de dejar escrito ciertas reglas.

Un día repentinamente dejaron de intercambiarse, y fue allí que Taki se enteró que este fenómeno no solo afectó las reglas de la distancia sino también del tiempo, porque Mitsuha viajo 3 años al futuro para encontrarse con Taki. Esto se conoce cuando Taki se entera que el pueblo de Itomori fue destruido por la caída de un cometa hace tres años atrás y que todos sus habitantes murieron. Gracias a este fenómeno y a la determinación de Taki y de Mitsuha, el pueblo pudo ser salvado. Taki y Mitsuha pudieron volver a intercambiar de cuerpo una vez más, Taki le advirtió a Mitsuha del cometa y ella movilizó al pueblo lejos del impacto del meteorito.

En la montaña de Dios, donde albergan innumerables espíritus que viven pacíficamente en el bosque de la montaña, fue abandonado un bebé que al morir la montaña le concedió un hechizo para seguir viviendo como un ser sobrenatural, conservando siempre la misma edad de un joven. Este joven se llama Gin, quien oculta su rostro tras una máscara blanca y que para seguir viviendo tiene la restricción de que no puede ser tocado por un humano o desaparecerá. Un día Gin encuentra a una niña perdida en el bosque llamada Takegawa Hotaru, la ayuda a salir y desde ese día se hicieron amigos. Hotaru es una niña que visita a su tío en el pueblo que se encuentra al pie de la montaña todos los años en vacaciones, y desde el día que Hotaru conoce a Gin, Hotaru va a pasar tiempo felices con Gin, hasta que debe regresar a su casa.

Los demás espíritus que viven con Gin se preocupan por él y le advierten tanto a él como a Hotaru que no deben tocarse porque sino Gin desaparecerá para siempre. Al principio Hotaru le parecía gracioso intentar tocar a Gin, pero una vez que casi se tocaron, cuando Hotaru se cayó de un árbol, Hotaru comprendió que no quería que Gin desapareciera. Los años siguieron pasando, Hotaru paso a la secundaria, convirtiéndose en toda una hermosa joven, mientras que Gin permanecía con la misma edad, su relación también iba aumentando, ganándose Hotaru el corazón de Gin. Una vez al año, por la noche, los espíritus festejan un festival como los hacen los humanos, y por primera vez Gin invita a Hotaru al festival, para pasar una noche que recordarán toda la vida.