Okabe ya se rindió de salvar a Kurisu y ha regresado a su vida normal, pero aún sufre de recuerdos repentinos de los eventos sucedido en las líneas de los mundos que cruzó, y de la muerte de Kurisu. Él ha caído en el desespero, y Mayuri, quien lo ha convencido de visitar una clínica mental, más los hombres del laboratorio están preocupados por él. Poco antes hasta los Kyouma Hououin han sido sellados…

Allí es cuando Okabe conoce a los amigos de Kurisu y se hace voluntario para ser sujeto de estudio de Amadeus, un sistema computacional en el cual la memoria de Kurisu ha sido guardada. Usando esta aplicación, él se puede comunicar con Kurisu. Entonces un día, una chica llega al laboratoria pidiendo consejos, una chica que se parece mucho a Kurisu.

Rintaro Okabe

Seiyuu: Mamoru Miyano

Es el líder del centro de investigación de gadget futurísticos. Desde que un cierto evento le ocurrió él ahora está consciente de su falta de poder.

Kurisu Makise

Seiyuu: Asami Imai

Es el cerebro del laboratorio, a quien Okabe trató de salvar en el pasado. Ella perdió su vida el 28 de julio en Akihabara.

Mayuri Shiina

Seiyuu: Kana Hanazawa

Es amiga de la infancia de Okabe quien entiende bien las cosas. Es uno de los miembros del laboratorio (labmen).

Itaru Hashida

Seiyuu: Tomokazu Seki

Es un hacker genio conocido por los labmen como Daru. Él conoce muy bien todo sobre Akihabara.

Moeka Kiriyu

Seiyuu: Saori Gotou

Ella siempre tiene una cara sin expresiones, solo se comunica muy bien vía mensajes de texto. Ella depende de su teléfono móvil.

Luka Urushibara

Seiyuu: Yuu Kobayashi

Por su apariencia física y manierismos, Luka es un crossdresser el cual siempre es confundido con una chica. Su apodo es Lukako.

Faris Nyan-Nyan

Seiyuu: Hariko Momoi

Faris es una chica joven quien hace cosas a su manera mientras trabaja en como maid en un café de Akihabara. Ella le añade el “nyan” a todas las palabras cuando está hablando con los demás.

Suzuha Amane

Seiyuu: Yukari Tamura

Suzuha es una viajera en el tiempo que viene del futuro. Ya que su sentido del tiempo es diferente, sus acciones espontáneas la hacen resaltar.