La historia de Ponyo se centra en la amistad entre un niño humano llamado Sousuke y una niña-pez quien Sousuke la nombró Ponyo. Ponyo tiene como padre a un hechicero de las profundidades del océano llamado Fujimoto, que separa a Ponyo y a Sousuke cuando Ponyo todavía era solo un pez.

Ponyo decidió tener manos y piernas y vivir en la superficie con Sousuke, aunque este capricho traería el desequilibrio del mundo, ocasionando que la marea se levante a tal punto de inundar la villa de Sousuke, que se encuentra a los pies del mar. La madre de Ponyo es una enorme sirena que controla los mares y que va en la ayuda de Fujimoto para convencer a Ponyo de regresar al mar. Ahora Ponyo debe decir lo que realmente es importante proteger.

Una estudiante universitaria llamada Hana se enamora de un joven misterioso de su misma clase. Este joven resultó ser el último descendiente de hombres lobos exterminados en Japón. A pesar de que Hana conoció su secreto no lo abandonó, sino que empezaron a vivir juntos. Poco después, Hana queda embarazada de una niña que la llamaron Yuki y al año siguiente nació un niño llamado Ame. Un día, el padre de estos murió misteriosamente en el río y Hana, junto con sus hijos, tuvo que mudarse a un pueblo cerca de un bosque para esconder el secreto de sus hijos licántropos.

Los dos niños crecieron con instintos de lobos pero con personalidades diferentes; mientras Yuki le agrada la vida estudiantil, ocultando su parte loba, Ame es más retraído con las personas, encontrando amistad con un lobo mayor que conoció en el bosque. Hana intenta criar a sus hijos de la mejor manera posible, muchas veces sin entender las necesidades de sus instintos como lobos, ocasionando problemas en la escuela. Estos niños lobos tendrán que encontrar su propio lugar en el mundo y decidir si quieren vivir como humanos o como lobos.

El castillo ambulante es la resistencia de Howl, un mago que se rumorea que roba las almas de las mujeres jóvenes. Sophie, una joven sombrerera tímida, es involucrada cuando Howl la rescata de unos soldados; la Bruja del Páramo, al ver este acto, decide maldecir a Sophie, transformándola en una anciana de 90 años y obligandola a buscar a Howl para romper el encantamiento. Sin más remedio, Sophie abandona todo y va en busca del castillo con la ayuda de Navet, un espantapájaros que Sophie ayudó en el camino. Cuando Sophie encontró y entró al castillo, conoce a Marco, un aprendiz de Howl, y a Calcifer, un demonio de fuego encargado de la energía del castillo. Para reunirse Sophie con Howl, ella aparenta ser una señora de limpieza.

En esta época, el país está en guerra, y el Rey quiere obligar a Howl a que luche para él, pero Howl no lo desea. La historia se va desenvolviendo con dificultades, por un lado Howl, queriendo proteger a Sophie, se transforma en un pájaro-humano para interferir con la guerra de ambos lados, pero esto ocasiona que cada vez que se transforma le sea más difícil volver a su forma humana. Por otro lado, los secuaces de la hechicera del rey, Madam Suliman, quieren invadir el castillo, ocasionando que el castillo empiece a movilizarse. Por último, está el hecho de que la Bruja del Páramo quiere a Calcifer por darse cuenta de que posee el corazón de Howl, pero esto ocasiona que el castillo se desestabilice.

La película cuenta la historia de una princesa que bajó de la luna, naciendo de un bambú y convirtiéndose en un bebé para ser criada como una humana. El cortador de bambú, Sanuki no Miyatsuko, es quien la encontró y junto con su esposa la criaron como a su propio hija. A diferencia de los demás bebés, la princesa crecía rápidamente, y por eso los niños del pueblo le pusieron de apodo pequeño bambú, llegando rápidamente a la edad de poder jugar con ellos. Pero sabiendo de donde procedía la princesa, Miyatsuko decide llevarla a la capital para que tenga una mejor vida y convertirla en toda una dama.

Al principio la princesa quedó impresionaba de vivir en un palacio con muchas ropas, pero después de comenzar las clases con la señora Sagami, empezó a sentirse como una ave enjaulada. La princesa, al cumplir la mayoría de edad, fue visitada por el señor Akita y él fue quien le puso de nombre Princesa Kaguya que significa luz brillante. Kaguya creció hermosa y muchos nobles la pretenden pero ella odiaba esa vida, a tal punto de pedirle a la luna que la alejará de allí; lamentablemente fue tarde cuando Kaguya se dio cuenta de lo que deseo.

Mononoke es una joven que vive en el bosque por ser criada por la espíritu loba Moro. Los espíritus del bosque está en guerra con la ciudad de Hierro porque ellos están destruyendo el bosque para extraer el material para crear armas. En este conflicto fue involucrado el joven príncipe Ashitaka, que salvando a su pueblo del dios jabalí Nago, que estaba convertido en un demonio Tatarigami por una bala de hierro, es herido y maldecido en su brazo. Es así que Ashitaka empieza su viaje hacia el oeste para encontrar una cura. En el transcurso de su viaje, Ashitaka se encuentra de lejos con Mononoke pero también llega a la ciudad de hierro gracias a unos pequeños espíritus que le ayudan a cruzar el bosque.

Mononoke, quien odia a los humanos, entra a la ciudad para matar a su gobernantes, Lady Eboshi, pero cayó en una trampa; afortunadamente Ashitaka la ayuda, aunque en el proceso le disparan. Mononoke, no comprendiendo del todo la acción de Ashitaka, pero internándose en el bosque, pone la vida de Ashitaka en manos del Shishigami. Es así que Shishigami cura la herida de bala de Ashitaka pero no su brazo maldito. Todo empieza a complicarse porque Eboshi quiere la cabeza de Shishigami, por otro lado los espíritus del bosque empiezan a alzarse en contra de Eboshi. Ashitaka queda en medio de este conflicto debido a que no quiere que dañen a los espíritus del bosque pero tampoco a las personas de la ciudad.

En muchas culturas existe la creencia de mundos subterráneos donde los seres vivos pueden reunirse con sus seres queridos fallecidos, en esta historia ese mundo es Agartha. Una joven estudiante llamada Asuna Watase, es atraída a este mundo cuando se encuentra con un extraño joven de nombre Shun que resultó ser habitante de Agartha. Shun sube al mundo exterior para verlo antes de morir, y allí se hizo amigo de Asuna, cuando él la salva de un monstruo que era uno de los dioses guardianes de Agartha. Shun, para poder subir a la superficie, trajo con él un cristal que es la llave de la entrada a Agartha, y por eso su hermano menor Shin fue a la superficie con la orden de recuperar el cristal después de que murió Shun.

Asuna, confundiendo a Shin con Shun y lo sigue hasta la entrada de Agartha, allí fueron atacados por un grupo militar llamado arcángeles. Shin, Asuna y uno de los soldados que resulta ser el profesor nuevo de la clase de Asuna llamado Ryuji Morisaki, fueron los únicos que pudieron entrar hasta Agartha. Es así que después de separarse de Shin, Ryuji y Asuna deciden adentrarse a este misterioso mundo. El viaje donde Ryuji quiere revivir a su esposa y Asuna desea volver a ver a Shun y no estar sola, será peligroso, muchos monstruos los acechan y la gente de Agartha odia a los exteriores, pero a la vez empiezan a reconocer sobre la vida y la muerte, pero no están del todo solos ya que tienen la ayuda de Shin y del extraño gato de Asuna llamada Mimi.

En el reino de Terramar se pronostican mal presagio cuando se ve pelear a dos dragones, y esto es debido a que el mundo de los humanos y el de los dragones no deben tocarse. El archimago Gavilán decide investigar este fenómeno, emprendiendo un viaje por el mundo. Un joven príncipe llamado Arren está escapando, siendo víctima del fantasma de su pasado, debido a que su lado oscuro asesinó a su padre. En medio del camino, Gavilán salva a Arren del ataque de unos lobos, y desde entonces empezaron a viajar juntos.

En los momentos críticos, el lado oscuro de Arren le concede poder pero a la vez lo llena de odio y crueldad, llegando a detestar la vida. En un pueblo, Arren utiliza este poder para salvar a una joven misteriosa llamada Theru, que al ver la actitud de Arren no lo quiere. La maga oscura Cob busca la vida eterna, y para ello debe deshacerse de Gavilán, y lo hace aprovechándose del poder de Arren. Arren deberá enfrentar su oscuridad, empezar a amar la vida y confiar en Gavilán y en Theru.

La vida de Haru Yoshioka cambio después de salvar a un gato que resultó ser el Príncipe Lune del reino de los gatos, que hablándole les da las gracias. Haru queda sorprendida de entender a un gato pero más fue su sorpresa cuando recibe la visita del Rey Gato, que queriendo agradecerle la llenó de hierba gatuna y ratones, para terminar en ofrecimiento de matrimonio con Lune. Haru no quería casarse y con la desesperación hace caso a una voz femenina que le indica que buscará a un gato blanco y gordo y que le preguntará sobre la Oficina de Asuntos Gatunos.

Es así que Haru conoce a Muta que la llevó hasta la oficina y allí encontró al Baron Humbert von Gikkingen que es una estatua de gato que recobra vida. Baron acepta ayudar a Haru pero lamentablemente ella fue secuestrada y llevada al reino de los gatos junto a Muta. En el reino, Haru es tratada como una princesa pero ella empezó a convertirse en una gata. Ahora nuestros protagonistas tendrán que intentar salir al mundo humano, antes del amanecer sino se convertirán totalmente en gatos.

Arrietty es una joven diminuta que vive escondida con sus padres, debajo de una casa humana en el campo. Estos seres, de apenas diez centímetros, poseen la norma de no dejarse ver por los humanos y sólo tomar lo que los humanos no extrañen, así protegen sus vidas de ser descubiertos. Pero su tranquila vida es amenazado cuando un joven llamado Shō empieza a vivir en la casa de campo debido a su débil corazón. Shō por casualidad llega a ver a Arrietty cuando llega a la casa y cuando Arrietty fue con su padre a tomar azúcar.

Shō lo que realmente quería era entablar una amistad con Arrietty, incluso le colocó la cocina de una casa de muñeca para que lo usarán. Pero lamentablemente la empleada Haru también descubriera a los diminutos, atrapando a la madre de Arrietty. A pesar de ello, Arrietty confía en Shō para ayudarla a liberar a su madre. Entre Arrietty y Shō surge una fuerte amistad, a pesar de que Arrietty y su familia deben de mudarse de la casa por ser descubiertos, pero a la vez con las palabras de Arrietty, Shō toma el valor para enfrentar su cirugía de corazón.

La historia se desarrolla en un futuro postapocalíptico, donde los seres humanos deben sobrevivir con escasa agua porque este líquido es controlado por el bosque, que ahora tiene mente propia. Estos seres son los llamados Druidas, que han entablado un acuerdo con la ciudad Neutral para convivir el bosque y los humanos juntos. En esta ciudad vive un joven llamado Agito, que por travesura decide acompañar a su amigo Cain para robar agua, encontrando en las profundidades del pozo una cápsula con una chica en hibernación, que sin querer la despierta.

La joven es Toola, una sobreviviente de la época antes de la catástrofe, siendo acogida para vivir en ciudad Neutral. Lamentablemente no todo el mundo quiere vivir en paz con el bosque, existiendo el país militar Ragna que desea volver a la época en donde los humanos eran los dominantes. Un coronel de Ragna llamado Shunack es también un sobreviviente del pasado y va a convencer a Toola para que juntos despierten un aparato que traería la normalidad al mundo. Toola debe decidir si seguir viviendo en el pasado o ver lo bello que puede ser un nuevo futuro.